Pamiętajmy, że zaliczki w myśl prawa niczym nie różnią się od podatku. Dlatego też w przypadku nieuregulowania zaliczek w wyznaczonym czasie można mówić o wystąpieniu zaległości podatkowej, od której będziemy zmuszeni uiścić naliczone odsetki. Niestety bez znaczenia jest, że kwota podstawowego zobowiązania podatkowego jest już pokryta w całości. Nie zawiera ona bowiem wspomnianych odsetek naliczonych od zaliczek opłacanych po ustalonym terminie do spłaty.
W myśl art. 53a par. 1 Ordynacji podatkowej, jeżeli w postępowaniu podatkowym po skończonym roku podatkowym lub innym okresie rozliczeniowym urząd podatkowy stwierdzi, że podatnik nie uregulował zaliczek (jej części lub całości), urząd ten wydaje decyzję, w której określa wysokość odsetek za nieterminowość na dzień złożenia deklaracji podatkowej w roku podatkowym lub innym okresie rozliczeniowym, a w momencie niedostarczenia zeznania w terminie - odsetki na ostatni dzień terminu dostarczenia zeznania, przyjąwszy prawidłową wysokość zaliczek na podatek.
Istotne jest, że odsetki od nieuregulowanych w określonym czasie zaliczek na podatek dochodowy są naliczane wyłącznie do okresu, w którym podatnik składa zeznanie roczne, albo do dnia, w którym podatnik powinien złożyć takie zeznanie. Po tym terminie odsetki zaczynają być naliczane od zaległości głównej a nie od zaliczek (jeżeli ona także nie została uiszczona w określonym czasie).
