Sprzedaż budynku mieszkalnego wykorzystywanego do prowadzenia działalności gospodarczej nie jest opodatkowana na takich zasadach jak działalność gospodarcza.
Zgodnie z art. 14 ust. 2 updof. przychodami z działalności gospodarczej są również przychody z odpłatnego zbycia wykorzystywanych na potrzeby związane z działalnością gospodarczą składników majątku będących środkami trwałymi ujętymi w ewidencji środków trwałych.
Powyższy przepis nie ma jednak zastosowania do odpłatnego zbycia wykorzystywanego na potrzeby związane z działalnością gospodarczą: budynku mieszkalnego, jego części lub udziału w takim budynku, lokalu mieszkalnego stanowiącego odrębną nieruchomość lub udziału w takim lokalu (art. 10 ust. 3 ustawy o PIT).
Oznacza to, że podatnik sprzedający dom, służący do prowadzenia działalności gospodarczej nie zalicza uzyskanych ze sprzedaży przychodów do przychodów z działalności gospodarczej. Nie ma w tym przypadku znaczenia, czy dana nieruchomość była zaliczona do środków trwałych działalności gospodarczej czy też nie.
Sprzedaż nieruchomości mieszkalnej nie będzie podlegać opodatkowaniu na zasadach działalności gospodarczej, nie oznacza to jednak, iż nie będzie podlegała opodatkowaniu wcale. Opodatkowaniu będzie podlegało odpłatne zbycie, które nastąpi przed upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym nieruchomość została nabyta albo wybudowana lub nabyte zostało jedno z ww. praw. Podatek dochodowy z odpłatnego zbycia nieruchomości wynosi 19% podstawy obliczenia podatku (dotyczy nieruchomości nabytych po 1 stycznia 2009 r.). Zgodnie z art. 30e ust. 2 podstawą obliczenia podatku jest dochód stanowiący różnicę pomiędzy przychodem z odpłatnego zbycia nieruchomości lub praw, a kosztami ustalonymi zgodnie z art. 22 ust. 6c i 6d, powiększoną o sumę odpisów amortyzacyjnych, o których mowa w art. 22h ust. 1 pkt 1, dokonanych od zbywanych nieruchomości lub praw.
W sytuacji jednak gdy, odpłatne zbycie nieruchomości mieszkalnej nastąpi po upływie 5 lat licząc od końca roku kalendarzowego, w którym nieruchomość została nabyta albo wybudowana lub nabyte zostało jedno z ww. praw., to przychód z tego tytułu nie podlega opodatkowaniu podatkiem dochodowym.